Mega Man Zero 2

Zero, Copy X'i yendikten bir yıl geçti. Bu süre zarfında çölde dolaşarak Pantheon dalgalarını yenmeye devam etti. Oyunun başlangıcında, yıpranmış bir pelerinle sarılmış Zero, bir kum fırtınasından yorucu bir şekilde geçiyor. Kumlar yatışınca, tekrar düşmanlar tarafından kovalandığını fark eder. Çatlak zırhı ve kırık silahları (değnek ve kalkanı işe yaramaz hale gelmiş) ile birlikte pelerini fırlatır ve savunma amacıyla Buster Shot silahını çeker.

Başka yerde, Dört Koruyucunun hayatta kalan üç üyesi (Phantom, Zero'nun önceki oyundaki Area X saldırısını durdurmaya çalışırken kendini yok etti) Neo Arcadia'nın kontrolünü ele geçirdi, lider olarak Harpuia'yı seçtiler. Copy X'in ölümü örtülü, çünkü insanlar onu kurtarıcıları olarak saygıyla anıyorlardı. Harpuia Neo Arcadia'dan ayrılır ve çöl savaşından sonra Zero ile karşılaşır. Harpuia, onu yeni Direniş Üssü'ne götürür, burada Zero onarılır ve Ciel ile Direniş'in geri kalanıyla yeniden bir araya gelir ve aynı zamanda yeni komutanları Elpizo ile tanışır. Ofisinde yalnız başına Ciel, Zero'ya bir yıl kayıp olduğu süre zarfında yaşanan değişiklikleri anlatır ve aynı zamanda yeni bir enerji sistemi yaratma amacını hatırlatır. Ona, mevcut araştırmalarının temelini oluşturan bir Baby Elf gösterir.