Xenosaga Episode II: Jenseits von Gut und Böse

Hikaye, insanlığın uzun zamandır dünyayı terk ettiği ve yıldızlararası bir imparatorluk kurduğu gelecekte geçer. Ana tehdit, Gnosis adı verilen süper güçlü bir uzaylı ırkının ortaya çıkmasıdır. Hikaye, ilk bölümün son olaylarından hemen sonra başlar.

Shion Uzuki, güçlü android KOS-MOS'u tasarlayan genç mühendis, arkadaşlarıyla birlikte Second Miltia gezegenine varır. Burada, ölen dahi bilim adamı Joachim Mizrahi'nin mirası hakkında daha fazla bilgi edinmek ve gizemli düşmanlar Albedo ile Margulis'in planlarını bozmak istiyler. Jin Uzuki, Shion'un kardeşi, ilk bölümde sadece bahsedilen bir karakter olmasına rağmen, ikinci bölümde önemli bir kontrol edilebilir karakter haline gelir. Hikayenin büyük bir bölümü, Jr.'ın geçmişini ve kökenini keşfetmeye ve onun Albedo ile bağlantısını araştırmaya adanmıştır.