Ratchet & Clank Future: A Crack in Time

Quest for Booty'nin sonundan devam eden hikayede, Clank, Dr. Nefarious'un Great Clock'taki sırrını keşfetmek için Zoni tarafından kaçırılmıştır. Nefarious, Clank'ın belleğinden Orvus Odası'nın anahtarını bulmaya çalışır, ancak Zoni ona izin vermez. Nefarious, Hypersonic Brainwave Scrambler'ı serbest bırakır ve Zoni kaçar, ardından bir kesinti oluşur. Güç geri gelince Clank uyanır ve kaçmaya çalışır, ama Nefarious ve hizmetçisi Lawrence tarafından yakalanır ve hareketsiz hale getirilir.

Clank daha sonra Sigmund adında bir robottan uyanır. Sigmund, tesisin Genç Bakıcısıdır ve Nefarious ile adamlarının hiçbir izi yoktur. Clank, belleğine bağlanan mnemonic odalar sayesinde Great Clock'un, zaman yolculuğunun aşırı kullanımından kaynaklanan evrensel hasarları iyileştirmek için Zoni bilim adamı Orvus tarafından inşa edildiğini öğrenir. Orvus'un bir kısmı Clank'ın belleğinde saklanmıştır, böylece bir gün Clank, Zoni'nin yardımıyla Kıdemli Bakıcı olabilir. Clank ayrıca babasının Zanifar'daki bir karakola gitmiş ve daha sonra Clock'a dönmemiş olduğunu öğrenir.

Bu arada, Ratchet ve Qwark, Clank ve Nefarious hakkında bilgi toplamak için Breegus Sistemini keşfederler. Bir "sürgün"ün de Nefarious ile savaştığını öğrenirler ve bu varlığı başka bir Lombax olan General Alister Azimuth'a kadar takip ederler. Krell Kanyonu'nda bir Obsidian Eye ararken, Azimuth, Ratchet'in ebeveynlerini tanıdığını ve Ratchet'in Lombaxların teknik dehasını İmparator Tachyon ile paylaşarak onun iktidara gelmesine yardımcı olduğunu söyler. Lombaxlar başka bir boyuta gittiklerinde, Azimuth cezalandırılmak üzere geride kaldı. Azimuth ayrıca Ratchet'e Great Clock'un bu evrene Lombaxları geri getirebileceğini söyler. Bir Obsidian Eye aracılığıyla Clank ile konuştuklarında ve Qwark'ı Snowball adlı bir war grok'tan kurtardıktan sonra, Ratchet, Zanifar'daki bir zaman portalını kullanarak Orvus'a ne olduğunu öğrenir. Nefarious, Orvus Odası'na girmek için Zoni'yi yakalamış, ancak Orvus ortadan kaybolunca başarısız olmuştur. Ratchet kaçmayı başarır ve Nefarious'un adamı Lord Vorselon'dan Azimuth'u kurtarır. (Ancak Nefarious'un görünümünü değiştirir ve onun sağ gözünde kalıcı bir yara izi bırakır)

Ratchet ve Azimuth, Clank'ı Nefarious'un başka bir grup adamı olan Valkyries'ten kurtarır. Clank, Azimuth'un planının evreni yok edeceğini söyler ve Azimuth üzüntüyle ayrılır. Ratchet, Clank ve Qwark, Nefarious'un üssünde gizli bir görev başlatır, ancak sonunda yakalanırlar. Ratchet ve Clank'ı derin uzaya bir asteroide fırlatmadan önce, Nefarious, Great Clock'u kullanarak zamanı geri alarak evrendeki kahramanları aldatmayı ve kötülerin her zaman üstün gelmesini planladığını açıklar. Ratchet ve Clank'ın asteroidi Morklon Gezegeni'ne çarpar, ancak Zoni onları koruduğu için zarar görmezler. Dünyanın yok olduğunu görürler. Bir fongiod olan Yurik, bu durumun on yıl önce Agorians tarafından yapıldığını anlatır ve Gimlick Vadisi Savaşı'nın hikayesini anlatır. Agorians, barışçıl bir köyü aniden saldırır ve birçok Fongiod köylüsünü esir alır. Kabile lideri ve bir ordu, savaşmak için bir araya gelir, ancak lider öldürülür ve Agorians barajı yok ederek Fongiod köyünü yok eder. Zanifar'daki benzer bir zaman portalını kullanarak, Ratchet ve Clank, Gimlick Vadisi Savaşı'nda son on yılda Fongoids'i kurtarmak için geri dönerler. Agorians ile savaşırlar ve çocuk Yurik'i kurtarırlar. Yurik, Ratchet'e mahkumları kurtarmasını söyler. Mahkumları Fongoids'in yardımıyla kurtardıktan sonra, Agorian generali Commander Argos ile yüzleşirler. İkili, Argos'un gemisini yok eder ve gemi baraja battığında Fongoids zafer kıçında bağırır. İkili günümüze döner ve Gimlick Vadisi'nde daha barışçıl bir köy görür. Köyde ikilinin devasa çit anıtı vardır ve Fongiod köyünü kurtardıkları günün onuncu yıl dönümüdür. İkili, bir Fongiod'dan anıt gemisini ödünç almak için izin ister. Bu gemi, Argos'un savaş sırasında kullandığı ve baraja düştükten sonra kurtarılıp onarılan gemidir. İkili, Nefarious'a Clock'a ulaşmadan önce yeniden yüzleşmek için geri döner. Nefarious'un gemisinde onu yenerler, ancak Lawrence kaçarak acil çıkış kapsülüne biner ve gemi Nefarious'un üssüne doğru saptanır. Geminin çarpmasına az kala Azimuth gelir ve Ratchet ile Clank'ı kurtarır. İkili Azimuth'un gemisine doğru koşarken, Nefarious'un gemisi ona çarpar ve üssü yok edilir.

Grup, Great Clock'a döner ve Clank görevlerine devam etmeye hazırdır. Ancak Ratchet ve Clank, Azimuth'a Lombaxları geri getirmek için makineyi kullanma şansını vermezler. Azimuth, Ratchet'in artık onun istediğini istemediğini görünce öfkelenir. Hırsı bozulur ve silahını Ratchet'e doğrultur, onu platformun kenarından aşağı iterek öldürür. Clank, General'i takip ederken Sigmund onu durdurmaya çalışır, ancak Azimuth onu yener ve Clank, Azimuth'un içeri girememesi için Orvus Odası'na kilitlenir. The Plumber'ın sözlerini hatırlayan Clank, 6 dakika geriye doğru bir zaman değişikliği başlatır ve Ratchet'i Azimuth'un patlamasından uzaklaştırır ve olayları değiştirir. Ratchet ve Azimuth, Orvus Odası'na girmek için bir taşlama rayı boyunca yarışır. İkili çok geç kalır ve Azimuth, Lombaxları eve getirmek için Clock'u geriye doğru kaydırır. Ratchet, evrenin kaderi mücadelesinde Azimuth ile savaşır. Savaşırken, Clock etrafında çöker ve bu kadar büyük bir değişikliğe dayanamaz. Ratchet ona durmasını bağırırken, Azimuth hata ettiğini anlar. Ratchet'e "kendine iyi bak" diyerek kendi canını vererek Clock'un kendi kendine yok olmasını durdurmak için kırık kaldırıcıyı değiştirir. Ancak bunu yaparken, kırık Clock'tan gelen ölümcül bir enerji patlamasıyla vurulur ve ölür.

Zoni, odayı onarır ve Ratchet, Clank'a vedalaşır, ona iyi dilekler diler ve uzaklaşır. Clank, Orvus'un kayıtlı sözlerini yeniden duyar ve Ratchet'in eylemlerinin ona aile bulmasına yardımcı olduğunu hatırlar. Clank, Sigmund'u Kıdemli Bakıcı olarak terfi ettirir ve Orvus'un arka planda Ratchet'e oğlunun kendini tamamlayacak her şeyi yapması gerektiğini söylediğini duyar. Clank, Ratchet'le yeniden birleşir ve birlikte yeni bir maceraya doğru yıldızlara uçarlar.