Prototype 2

Orijinal oyunun olaylarından iki yıl sonra, Irak'tan dönen Çavuş James Heller, eşi ve kızının öldüğünü öğrenir ve NYZ'de Blacklight virüsüne karşı savaşmak için tekrar orduya katılır. Heller, Idaho'daki 60'lı yıllardaki ve ilk oyundaki NYZ'deki önceki salgınlar hakkında bilgilendirilir. Daha sonra Mercer'ı bulur ve onu takip etmeye başlar.

Mercer'ı intikam için takip eden Heller, Mercer tarafından benzeri süper insan yetenekleri veren bir suşa yakalanır. Bayılıp uyanınca, Gentek bilimcisi Dr. Anton Koenig ve Blackwatch Albay Douglas Rooks tarafından bir Sarı Bölge laboratuvarında deneyler yapıldığını görür. Gentek üssünden kaçan Heller, Mercer ile karşılaşır ve Mercer, Gentek ve Blackwatch'ın Blacklight virüsünü yeniden ürettiğini ve yetiştirdiğini, böylece ikinci enfeksiyonun ve Heller'ın ailesinin ölümlerinden sorumlu olduklarını iddia eder. Gentek ve Blackwatch'ı devirmek için planlarını açıklayan Mercer, Heller'a bir ateşkes teklif eder. Mercer'ın niyetlerinden emin olmayan Heller, tavsiye ve yardım için yerel papaz Father Luis Guerra'ya gider.

Guerra'nın sağladığı bilgileri kullanan Heller, Blacknet Terminallerine sızarak birçok operasyonlarını ortaya çıkarır ve sabote eder. Yavaş yavaş Blackwatch'ı yiyerek ilerleyen Heller, sonunda Koenig'i bulur ve onun, kendisinin zayıf noktalarını bulmak için onu gözlemlediğini ortaya çıkarır. Koenig'in ihanetine sinirlenen Heller onu takip eder, ancak Koenig'in kendisi ve Mercer gibi yeteneklere sahip olduğunu ve Mercer tarafından Gentek ve Blackwatch'a yerleştirilen birkaç "Evolved" ajanlarından biri olduğunu keşfeder. Doktoru yendikten ve yuttuktan sonra, Mercer Heller'a NYZ'yi kontrol etme girişiminde onu işe almayı planladığını ortaya koyar. Şüpheleri artan Heller, Guerra tarafından Mercer'ın virüsü ikinci kez Penn Station'da serbest bıraktığını gösteren bir video kaseti görür, aynı yerde Mercer ilk kez virüsü serbest bırakmış ve yakalamıştı.

Mercer'ın aldatmacılığına sinirlenen Heller, Mercer'ın adamlarını avlamak için Yeşil Bölge'ye doğru yola çıkar; ancak Gentek'teki bir Evolved ajanı olan Sabrina Galloway ile karşılaşınca, Galloway'in Mercer'ı devirmek için ona yardım edebileceğini öğrenince onunla isteksizce takım kurar. Galloway'in yardımıyla Heller, Mercer'ın "Whitelight" adlı kirli bir aşı aracılığıyla tüm dünyayı enfekte etme planını keşfeder; bu aşı, enfeksiyonu ve evrimi hızlandırmak yerine önlemek için hizmet etmez.