Phantasy Star III: Generations of Doom

Oyun, Landen şehir-devletinde, iki ay önce sahilde bulunan gizemli Lady Maia ile Prens Rhys'in evlenmesinden hemen önce başlar. Dua okunacakken, gelin, "Kirli Orakian! Maia sana ait olamaz!" diyen bir uçan ejderha tarafından kaçırılır ve güzel prensesle birlikte ortadan kaybolur.

Üzüntü ve öfkeyle kendinden geçen Prens Rhys, gelini bulmak ve tüm Layan soyundan gelenleri yok etmek için bir orduyla yola çıkmaya hazırlanır. Ancak kısa süre sonra kral olan babası tarafından durdurulur ve şato altındaki zindana atılır. Ancak kısa süre sonra Lena onu serbest bırakır ve gelinini bulma yolculuğunda başarılar diler.

Rhys, nişanlısını bulma görevinde efsanevi savaşın kalıntılarını bulur ve garip yoldaşlarla ile eski arkadaşlarla ittifaklar kurar. Maia'yı bulduktan sonra, soyundan gelenler hikâyeyi devam ettirir ve yaşadıkları dünyanın ile tarihin kendini göstermediğini anlar.