Phantasy Star II

Andromeda Gökadası'nın derinliklerinde Algol Yıldız Sistemi yer alıyor. Ana yıldız Algol (zaman çizelgesinde "Algo" olarak anılır), etrafında üç gezegen döner. İlk gezegen Palm ("Palma"), hükümetin merkezidir. Valiler, hazinedarlar ve büyük düşünürler burada günlük hayatın gürültüsünden uzak, beyaz kulelerde yaşarlar. İkinci gezegen Mota ("Motavia"), parlayan bir mücevherdir. Eskiden kurak bir çöl gezegeni olan ve karıncalarıyla dolu olan Mota, mavi ve yeşil bir tropikal cennete dönüştürülmüştür. Kubbeli çiftliklerde ürün yetiştirilir ve su, barajlı nehirlerde düzenlenir. Mota'da hayat tatlı, sakin ve kolaydır. İnsanlar istedikleri her şeye sahiptir ve çalışma ihtiyacı yoktur. En uzakta Dezo ("Dezoris"), buz gezegeni yer alır. Bu gizemli ve karanlık gezegen hakkında çok az şey bilinir.

Alis ve arkadaşlarının kötü Lassic'ten Algo'yu kurtardığından bin yıl geçmiştir. O zamandan beri Algo, Mother Brain adlı dev bir bilgisayarın gözetimi altında refah içinde yaşamıştır. Mother Brain, iklim kontrol kulesini, bio-sistemler laboratuvarını ve Mota halkının ihtiyaç duyduğu diğer tüm şeyleri düzenler.

Oyun, Rolf adlı bir karakterin tekrarlanan garip bir kabusu hatırlamasıyla başlar. Rüyasında, Rolf'un tanımadığı ama Alis'e benzeyen bir kız, bir iblis ile savaşıyor. Nihayet, iblis kızı öldürmeye hazırken Rolf uyanır. Paseo'daki evinden, Mota'nın başkenti, Rolf yeni görevini almak için komutanla görüşmek üzere merkez kuleye gider.

İlk tehdit, tehlikeli biomonsterlerin (biyolojik olarak değiştirilmiş hayvanlar) artmasıdır. Rolf, kedi benzeri özelliklere sahip bir insansı olan arkadaşı Nei ile araştırmak için yola çıkar ve yolculukları sırasında insan-biomonster melezi Neifirst'i keşfederler. Neifirst, Nei'nin kökeninin kendisiyle aynı olduğunu ortaya koyar. Biomonster olması nedeniyle toplumdan dışlanmıştır ve bu yüzden insanlığa nefret etmekte ve Mota'nın iklim kontrol sistemini ve bio-sistemler laboratuvarını sabote etmektedir. Nei, Neifirst ile tek başına savaşır ama yenilir ve öldürülür. Acıyan Rolf ve geriye kalan takım, Neifirst'i yener ve Mota'daki biomonster tehdidine son verir.

Ancak bu, başka bir olayı harekete geçirir: patlama etkisi, Mota'nın merkezi gölünü, yerleşim sularını taşar. Seli önlemek için Rolf ve arkadaşları çevredeki dört barajı açarlar. Sonunu açtıktan sonra, Mother Brain'in güvenlik robotları tarafından yakalanırlar ve Gaira uydusunda idam cezasına çarptırılırlar. Ancak uydu arıza yapar ve Palm ile çarpışır, ikisini de yok eder. Rolf ve ekip, son anda Tyler adlı bir uzay korsanı tarafından kurtarılır.

Grup, Mota'nın son uçağıyla Dezo'ya doğru yola çıkar. Gezegenin bir köşesinde Esper Malikanesi yer alır. Oraya vardıklarında Rolf, uzun bir uykudan uyanan efsanevi Lutz'u uyandırır. Lutz, Rolf'un geçmişinin sırlarını ve Mother Brain'in karanlık sırrını ortaya çıkararak, Algo'nun şimdi karşı karşıya olduğu kader ve yıkımı açıklar. Kahramanlar, Noah uzay gemisinde yaşayan Mother Brain'e karşı kullanılabilecek güçlü Nei silahlarını, dört gizli zindanda bulurlar. Sonunda, Dark Force'un Rolf'un karşılaştığı her tehditin arkasında olduğu ve Mother Brain'in kendisinin de bir parçası olduğu ortaya çıkar. Rolf, iki kötü varlıkla yüzleşir ve onları yener. Son savaştan sonra Lutz, hala gemide insanlar olduğunu söyler: Dünya'dan kalan hayatta kalanlar. Algo'nun kaynaklarını tüketmek için çıkar çırpıcı bir yaşam tarzı sürdürmek için Mother Brain'i yarattıklarını itiraf ederler ve kahramanlar ile Dünyalılar arasında bir savaş başlar. Oyun burada açık uçlu bir notta sona erer, savaşın sonucu belirsiz kalır.