Mystical Ninja Starring Goemon

Hikaye, Goemon'un Momoyama Şogunlar çetesinin Japonya'yı batılı bir sanat tiyatrosuna dönüştürme planlarını engellemek için verdiği mücadeleyi anlatıyor. Üç sinematik müzikal özelliği ve dev robotlar arasındaki savaşları içeren olay örgüsü, diğer Ganbare Goemon oyunları gibi gerçeküstü mizah ve anakronizmalarla bezelidir.

Mystical Ninja'nın baş kahramanı Goemon, uzun, mavi ve kabarık saçları olan, kiseru tutan, kanlı bir ninjadır. Efsanevi hırsız Ishikawa Goemon'a dayanan Goemon, Oedo Kalesi'ni tahrip edenleri bulmak için Oedo Lordu tarafından görevlendirilir. Goemon, Oedo Kasabası'nda yaşayan ve Ebisumaru adında garip, obur bir şişman adamla arkadaştır. Ebisumaru, tembel ve sapıktır. Kunai atan arkadaşları Sasuke, Iga Bilge Adamı tarafından yapılan mekanik bir ninjadır ve sıcak banyoları ve Japon çayını sever. Kahramanları tamamlayan Yae, Zazen Kasabası'nda Goemon'un grubuna katılan güçlü bir kılıç kullanan kunoichidir. Oyunun kötüleri, Spring Breeze Dancin' (Danshin Harukaze) ve Kitty Lily (Margaret Ranko) önderliğindeki "garip" dörtlüden oluşan Peach Mountain Shoguns örgütündendir. Onlar Japonya'yı yetenekleri için bir sahneye dönüştürmeyi planlıyorlar.