Metroid Fusion

Oyun, Samus Aran'ın SR388 gezegenindeki Biologic araştırma ekibinin korumasını üstlendiği anda başlar. Bir süre sonra bir Hornoad ortaya çıkar ve Samus onu öldürür. Ancak Hornoad yok edildiğinde, Samus'un vücuduna girerek onu etkisiz hale getiren sarı, küresel bir organizma (bir X) ortaya çıkar.

Samus ilk başta herhangi bir etki hissetmez ve araştırmacıları güvende ulaştırır. Ancak laboratuvara dönüş yolunda Samus bayılır ve gemisi bir asteroit kuşağına çarpar. Geminin acil sistemleri Samus'u kurtarır, ancak gemi tamamen yok olur. Samus hemen bir tıp ekibi tarafından bakıma alınır ve SR388'de vücuduna giren yaratığın aslında bir parazit olduğu ortaya çıkar.

Samus'un Power Suit'inin organik bileşenleri sistemine o kadar işlemiş ki, Samus'un bilinçsizken çıkarılamaz. Büyük bir kısmı cerrahi olarak çıkarılır ve görünümü büyük ölçüde değişir. Ancak Samus'un merkezi sinir sistemindeki X'ler çıkarılamaz. Samus'un hayatta kalma şansı yüzde birin altındadır.

Metroid'ler X'in tek bilinen avcısıdır, ancak Samus daha önce SR388'deki tüm Metroid'leri yok etmiştir. Bu yüzden X'ler kontrolsüz çoğalır. Doktorlar, Samus'un ikinci kez Zebes'teyken kendisini kurtaran Bebek Metroid'in hücresinden yararlanarak bir anti-X aşısı yapmayı önerir. Aşı hazırlanır ve hemen enjekte edilir, X'leri tamamen yok eder. Ancak iki yan etki ortaya çıkar: Samus artık normal X'lerden zarar görmez ve onları sağlık ve mühimmatı yenilemek için emebilir, ancak Metroid'lerin soğuğa karşı duyarlılığını da miras alır.

İyileştikten sonra Samus, SR388 örneklerinin ve enfekte Power Suit parçalarının tutulduğu Biologic Uzay Laboratuvarları araştırma istasyonunda bir patlamayı soruşturmak üzere gönderilir. İstasyonda Samus hemen Karantina Körfezine gider ve burada bir X parazitiyle enfekte olan bir Hornoad ile karşılaşır ve onu öldürür. Samus yeni gemisinin bilgisayarıyla konuşur (onu eski bir komutanını andırdığı için "Adam" olarak adlandırır) ve alınan örneklerin X ile enfekte olduğunu öğrenir. Bilgisayar ayrıca X'in avının DNA'sını kullanarak mükemmel bir kopya yaratabildiğini, bu nedenle istasyondaki herhangi bir canlı da enfekte olabilir.

Samus istasyonu keşfetmeye devam ederken, X'in enfekte Power Suit parçalarını kullanarak kendisinin bir kopyasını yarattığını keşfeder, bu kopyaya SA-X (Samus Aran-X) adı verilir. SA-X, Samus'un tamamen yükseltilmiş Power Suit'inden ortaya çıktığı için tüm güçlendirilmiş yeteneklerine sahiptir. SA-X bir Power Bomb kullanarak Karantina Körfezinden kaçar ve X örneklerini tutan kapsülleri yok ederek tüm X'leri istasyonda serbest bırakır. Samus, istasyonu araştırırken Kısıtlı Laboratuvara ulaşır. Burada onlarca bebek Metroid ve değişik olgunluk aşamalarındaki Metroid'leri staz formunda bulur. Bunların, Samus'ın önceden haberi olmadığı bir klonlama projesinin sonuçları olduğu ortaya çıkar. SA-X kısa süre sonra avlarını yok etmeye çalışır, ancak planı geri tepir: Metroid'ler serbest kalır ve acil durum önlemleri etkinleştirilir. Samus kaçmadan önce lab kapatılır ve istasyondan fırlatılır, SR388 üzerinde patlar.

Laboratuvar olayından sonra Samus gemisinin bilgisayarıyla konuşur, bilgisayar Metroid üretim programının gizli olarak devam ettiğini ve "barışçıl uygulamalar" için kullanıldığını açıklar. Bilgisayar ayrıca, istasyonun SRX ortamının, SR388 ekosisteminin bir replikası olduğunu ve Alpha, Gamma, Zeta hatta Omega Metroid'ler yetiştirmek için idealdi. Araştırma hızlı büyüme teknikleri ortaya çıkardı ve bir bebek Metroid'in birkaç günde bir Omega Metroid'e dönüşmesine olanak sağladı. Ne yazık ki, SA-X Samus'u takip ederek laboratuvarın yerini bulmuştu. Bilgisayar ayrıca, SA-X'in cinsel olmayan şekilde ürediğini ve istasyonda en az 10 tane olduğunu söyler.

Daha sonra, bilgisayar Samus'a yeterince zarar verdiğini söyler ve ona soruşturmayı Federasyon'a bırakmasını emreder. Federasyon X ve SA-X'e ilgi duymuş ve bu canlının sonsuz ihtiyaçları olduğuna inanmıştır. Samus, SA-X'in yıkıcı gücünü görmüştür ve Federasyon birliklerinin inişte X'leri emeceklerinden ve bilgilerini alacaklarından korkar. Bunun gerçekleşirse, X'ler kolayca galakside yayılabilir ve "galaktik medeniyet sona erebilir."

Bunun yerine Samus, X'leri yok etmek için istasyonun kendi kendini yok etme mekanizmasını etkinleştirmeye karar verir ve bunu yaparken kendi hayatını da riske atar. Ancak gemisinin bilgisayarı Samus'u bir Navigasyon Odasında kilitler, çünkü Federasyon onu gelene kadar orada tutmasını emretmiştir. Çaresizlik içinde Samus bilgisayara "Bunu yapmalarına izin verme, Adam. Göreceklerini anlamıyor musun?" diye bağırır. Bilgisayar, Samus'un önceki komutanının kim olduğunu sorar. Samus, onun hayatını kurtarmak için ölen eski komutanı olduğunu açıklar. Samus'un açıklamasından etkilenen bilgisayar, planı onaylar ve Samus'un istasyonun yörüngesini değiştirirse, gezegeni patlamaya dahil edebileceğini ve böylece SR388'deki X'leri de yok edebileceğini önerir. Bu noktada Samus, bilgisayarın gerçekten Adam Malkovich olduğunu, ölümünden önce bir bilgisayara yüklenen kişiliği olduğunu anlar.

Samus aceleyle Operasyon Odasına gider ve burada bir SA-X ile karşılaşır. Onu yener, ancak Core-X kaçar ve Samus onu ememez. SA-X'i görmezden gelerek Samus kendi kendini yok etme dizisini başlatır ve gemisine doğru koşar. Ancak rıhtımı yıkılmış ve gemisi yoktur. Durumu anlamadan, bir Omega Metroid ortaya çıkar, muhtemelen Kısıtlı Laboratuvarın yok edilmesinden önce kaçmış ve rekor sürede tam boyuta ulaşmıştır. Samus'un Omega Metroid'i yaralayabilecek bir silahı yoktur ve Metroid'in bir pençe darbesi Samus'un enerji rezervlerini bir birime düşürür. Omega Metroid Samus'u bitirmeye hazırlanırken, SA-X geri döner ve Metroid'e Ice Beam ile saldırır, onu yaralar. Ancak Samus ile savaşmasından çok zayıflamıştır ve Metroid tarafından hızla yenilir. Bu sefer Core-X Samus'un üzerinde durur ve Samus onu emerek "Adsız Takım Elbisesi"ni, Ice Beam'i ve aşıdan önceki genetik durumunu yeniden kazanır. Kullanılan yetenekleriyle Samus, Omega Metroid ile savaşır ve onu acımasız bir mücadele sonunda öldürür. Savaştan sonra Samus'un gemisi, Adam ve aynı Etecoons ve Dachoras'ın pilotluğunda tekrar rıhtıma girer, Samus'un önceki Zebes görevinde ve daha sonra Habitation Deck'te kurtardığı.

Samus istasyonu terk ederken, istasyonun SR388'e çarparak hem istasyonun hem de gezegenin yok olduğu ve X'leri evrenden kalıcı olarak kaldırdığı görülür.

Eylemlerini düşünürken Samus, insanların X'leri yok etmesinin nedenini veya ne kadar tehlike aşıldığını anlamayacağından şüphelenir. Samus, Federasyon'a karşı çıktığı için sorumlu tutulacağını düşünür, ancak Adam onu yatıştırır: "Endişelenme. Onlardan biri anlayacak. Onlardan biri anlamak zorunda." Son bir düşünceyle Samus, "Biz hepimiz deneyimlerimizle sınırlıyız. Ancak sonunda insan ruhu her zaman doğruya ulaşmaya çalışır... Adam bana bunu öğretti." der.