Mega Man ZX

Oyun, Mega Man Zero 4'ten yüzyıllar sonra, teknolojik olarak gelişmiş bir dünyada geçiyor. İnsanlar ve Reploidler artık yeni yasalar sayesinde barış içinde birlikte yaşıyorlar.

Zamanla, Dünya'nın halkı bazı eski ulusları canlandırdı. Ancak, eskiden olduğu gibi refahı engelleyen olaylar baş gösterdi; bazı makine yaşam formları Maverick oldu ve bazı bölgeler insanlar için tehlikeli hale geldi. Bu etkinlik, uluslar arasındaki alışverişi engelledi.

Uluslar, güvenli olduğu için İç bölge ve tehlikeli Mavericklerin ortaya çıktığı Dış bölge olmak üzere ikiye ayrıldı. Büyük gelişmeler, tarihi harabelerden çıkarılan teknolojiye sahip olan Slither Inc. şirketi sayesinde gerçekleşti. Şirketin sunduğu teknoloji sayesinde şehir merkezlerinde barışı korumak mümkündür.

Hükümetlerin krizi yönetemediği sınır bölgelerinde, Mavericklerden (barışı tehdit eden Reploidler ve Mechaniloidler) gelen saldırılardan zarar görmeye devam ediliyor. Bu bölgelerdeki insanlar, kendi kendilerini savunmak için Guardians adlı bir örgüt kurdular. Guardians, sınır bölgelerini savunur ve Maverick kaynağını araştırır.

Slither Inc., tarihi harabelerden çıkarılan teknolojiyi şehirlerin hayati şeyleri olarak kullanır ve insanlara enerji kaynakları gibi ihtiyaçlarını karşılayan mallar sağlar. Şirketin şehirlerin hayati şeylerine sahip olması, şehirlerdeki insanlar için kötü bir şey değildir. Slither Inc.'in başkanı Serpent, şirketi kendi başına kuran ve Dış bölgede uyuyan eski teknolojiyi kazanan harika bir kişi olarak görülüyor. Ayrıca, şirketinde bir Mechaniloid ordusu kurmuş ve geçmişte Maverick saldırılarından ülkeleri birçok kez kurtardığı söyleniyor.

Diğer yandan, sınır bölgelerindeki Guardians, bağımsız girişimciler olarak görülüyor. "Guardian Base," adında devasa bir uçan gemiyi karargah edindiler ve sınır bölgelerini savunmakla kalmayıp, Maverick kaynağını da araştırmak için gönüllüler alıyorlar. Guardians'ın orijinal lideri, bir Dış bölge alanını araştırırken kayboldu ve yönetim, Prairie adlı genç bir kız tarafından devralındı.