Mega Man Zero 3

Ciel'in Direnişi ile Copy X'i yendi, Neo Arcadia'nın hükümdarı. Neo Arcadia rejiminin terörü sona erdi, ama enerji sıkıntısı devam ediyordu. Ciel yeni enerji biçimleri üzerinde araştırmaya kendini adadı. Ve Elpizo yeni Direniş lideri olarak atandı. Ancak iktidar arzusuna kapılan Elpizo, dünyayı bir zamanlar neredeyse yok eden Kara Elfin uyandırdı. Kara Elfin gücüne susamış Elpizo, gerçek görevini gözden kaçırdı ve sonunda acımasız bir savaştan sonra yenildi. Ancak Kara Elf kaçtı, gidiş yönü belli değildi... Kara Elf üzerindeki savaş yalnızca başlamıştı.

Mega Man Zero 2 olaylarından iki ay sonra, yakın zamanda çakılan bir uzay gemisi Kara Elfe benzer enerji yaymaktadır. Zero, Ciel ve iki Direniş üyesi soruşturmak için yola çıktı. Görevin başlarında Ciel ve iki Direniş üyesi Neo Arcadia tarafından esir alındı, Zero gemiye girdi. Ancak onlara zarar verilmedi, tutuklu bırakılmadılar, çünkü Leviathan ve Fefnir bile başa çıkamayacak bir olay çıktı: Omega adında dev bir Reploid. Zero savaşa müdahale ederek kendi başına işlerle uğraşmak zorunda kaldı. Kısa bir süre sonra Dr. Weil tanıtıldı, yanında dirilmiş gibi görünen Copy X ile birlikte, Neo Arcadia'nın liderliğini yeniden ele geçirdi, bu da Harpuia'yı kızdırdı.