Mega Man X: Command Mission

Giriş 22XX yılında, Pasifik Okyanusu'na düşen bir meteorun parçalarından çıkarılan gizemli bir mineral olan Force Metal, Reploid mühendisliği alanında devrim yarattı. Federasyon, Force Metal'i çıkarmak ve eritmek için meteor yakınında yapay bir ada olan Giga City'yi inşa etti.

Her şey yolunda görünüyordu, ancak bir grup haydut Reploid silahlanarak adada bir isyan başlattı. Tüm insanları adadan kovdular ve hükümetin Giga City'yi bağımsız bir Reploid devleti olarak tanımasını istediler. Bu yeni İsyan Ordusu ve lideri Epsilon, bu eylemleriyle tümü Maverick olarak damgalandılar.

İlk Maverick Avcıları takımı İsyan Ordusu tarafından yok edildi veya etkisiz hale getirildikten sonra, Albay Redips özel bir takım oluşturdu: X, Zero ve Shadow. Eğer görevlerini -Epsilon'ı tutuklamak ve Reploid isyanını bastırmak- başarmazlarsa, Federasyon Giga City ve İsyan Ordusu'na karşı tüm güçleriyle savaş ilan etmek zorunda kalacaktı.

1. Bölüm: Giga City'ye Sız! X, Zero ve Shadow, Lagrano Harabeleri'nde bir enerji okumasını araştırmak için Giga City'nin çevresine ışınlanırlar. Üçlü, gizemli bir patlamayla ayrılır, ancak yapının tepesine doğru ilerlemeye devam ederler. X ve Zero, tepenin yakınında Hippopressor tarafından saldırıya uğrarlar ve onu yok ederler.

Çatıya ulaştıklarında, X ve Zero, Shadow'un Epsilon ile yüzleştiğini görürler. Epsilon'ı tutuklamaya başlarlar, ancak Shadow onlara ihanet ederek İsyan Ordusu'na bağlılığını ortaya koyar. İsyan subayları -Scarface, Botos ve Ferham- de kendilerini gösterirler ve Avcılar pusuya düştüklerini anlar. Zero Epsilon'a saldırmaya çalışır, ama subayların saldırılarıyla yenilir ve uçurulur. Artık yalnız olan X, kaçmak zorunda kalır ve çatıdan bir uçuruma atlar. Ferham kovalamaya başlar, ancak Epsilon onu durdurur, X'in geri döneceğini biliyordur.